Jenny regressa a Öland e percebe que a casa está vazia. O marido, Thomas, e o filho de 14 meses, Hugo, desapareceram.
Será que Thomas partiu de livre e espontânea vontade, levando consigo o filho de ambos? Ou há algo mais sinistro em jogo? Quando o homem é encontrado morto, toda a ilha se mobiliza para encontrar o pequeno Hugo, antes que seja demasiado tarde. A inspetora Hanna Duncker vê-se assim envolvida em mais uma investigação que irá revelar segredos há muito escondidos.
E, mais uma vez, o passado vem assombrar o trabalho de Hanna: o que aconteceu, de facto, 16 anos antes, quando o seu pai foi condenado por homicídio? Alguém na ilha recorre a medidas extremas para impedir que ela descubra a verdade.
O lírio das sombras é a segunda parte de Os Crimes de Öland, uma série policial que nos mostra como é viver à sombra de um crime, e como é difícil cortar o vínculo com o lugar onde nascemos.